En 1209, dès le début de la croisade contre les Albigeois, le siège de Béziers, la prise éclair de la ville et le massacre qui s’ensuivent convainquent les seigneurs locaux de signer les accords de Capestang, livrant les villes du Narbonnais aux croisés. Ceux-ci occupent donc le château de Lézignan, alors toujours possession de l’abbaye de Lagrasse et ceux des alentours sans rencontrer d’opposition.

Simon IV de Montfort puis à sa mort en 1218 son fils Amaury VI de Montfort occupent tour à tour le château entre 1209 et 1224. Amaury de Montfort, et son oncle Guy de Montfort incapables de se maintenir dans une région qui leur est très hostile, remettent solennellement au roi leurs seigneuries albigeoises.

En 1226, le roi Louis VIII venu dans le comté de Toulouse donne en fief La seigneurie de Castres et le château de Lézignan à Guy de Montfort puis à sa mort en 1228 à son fils Philippe Ier de Montfort-Castres. Cela signifie que Guy de Montfort est le premier châtelain de Lézignan. Mais également que désormais, ces terres relèvent du roi et non plus de l’abbaye de Lagrasse.

L’abbaye de Lagrasse qui s’estime lésée, obtient du pape Grégoire IX une bulle confirmant ses possessions. Elle fait valoir ses droits en 1234 lors d’un arbitrage qui se conclut en sa faveur. Philippe de Montfort conserve néanmoins le château sous la suzeraineté de l’abbaye moyennant un droit d’albergue.

Le roi Louis IX souhaite cependant prendre la suzeraineté des seigneuries ecclésiastiques dont celle de Lézignan moyennant une indemnité annuelle payée par le trésor royal. Cette transaction, acceptée par l’abbaye de Lagrasse et conclue en 1258 rattache définitivement Lézignan au domaine royal. La châtellenie de Lézignan est alors constituée et comprend : Lézignan, Saint-Jaume, Saint-Estève, Sérame, Caumont, Tourouzelle, Castelnau et Conilhac.